在佛教传入之初，日本有其固有的民族信仰一神道。因此作为外来宗教的佛教在日本的早期传播并不是一帆风顺的。总体看来，可以概括为四个阶段:初传日本受到排斥;在圣德太子的扶持之下，得到了较大发展;大化改新后，佛教异常兴盛;奈良时期达到鼎盛，随着政教的分离，到达镰仓时期具有日本的特色的佛教逐渐形成。与注重现世生活，泛神性质的日本本土宗教一神道不同，初传佛教则是宣传消极厌世，祈求来世事事皆空的思想。正如前文所说，初传来的佛教仅仅看作是“异域神”。但在全面吸收中国文化的当时日本而言，佛教亦是作为中国传统文化的一部分备受推崇的。

    在佛教初传入日本时，钦明天皇就崇佛与否的问题询问群臣的意见。当时出现了以大臣苏我稻目为首主张“西蕃诸国皆礼之，日本岂独背也”崇佛派和物部尾舆、中臣镰子为首主张“今改拜蕃神，恐致国神之怒”fzl的排佛派。当然，也可以理解为两个政治主张派别的政治斗争在佛教上的体现。最终以崇佛派苏我马子联合厩户皇子等杀物部氏而掌握朝廷实权，为佛教在日本的传播和发展奠定了基础。在圣德太子摄政的三十年间，他大力推崇佛教，并以佛教为国教，同时下诏兴隆佛法，创建寺院，特派遣唐使来中国进行文化的学习和交流。佛教于此传入的时期便是飞鸟时期。随着佛教的兴盛与护佛思想的推广，圣武天皇兴建东大寺并铸造奈良大佛，于是进入了第二个时期一奈良时期。此期佛教鼎盛，信徒众多，形成了六家宗派:三论、成实、法相、俱舍、律宗、华严，也就是所谓的“奈良六宗”。其中最具盛名的华严宗受圣武天皇的推崇，但此时期佛教的主流思想还是法相宗。第三个时期是平安时期，日本佛教已经在中国佛教的基础上衍伸出了自身的佛教文化，由于佛教与统治者密不可分，因此佛教也难免陷入统治阶级的政治纷争当中，僧侣们成了斗争的工具，六家宗派的思想逐渐衰败，新的净土宗思想开始得以展开。经过重重斗争，武家政权成了统领时代的导向，佛教的演绎于是跨入了另一个时期—镰仓时期，在这个时期新旧佛教之间产生了多元化的互动，净土宗与净土真宗为此时期最普遍的宗派，日本佛教也在镰仓时期开始了转变。到了室叮时期，社会的动乱使得佛教逐渐走向衰微，宗教本意开始弱化，涅合禅味的茶道、花道、剑道和书道开始盛行，佛教文化已被融入到日常的生活与文化当中，但到了室.末期，国内开始战乱暴动，战事频频，进入诸侯割据的战国时代。内部的纷争和国外的压力使得日本统治阶级不得不颁布“锁国政策”，以禁止基督教和其他容易引起动乱的活动，同时又实行“檀制度”，使每个国民都有归属护持的寺院，但这些政策给僧侣们生活提供保障的同时，也阻碍了江户时期佛教的良性发展。明治维新后，为了适应天皇亲政的需要，在明治初年颁布“神佛分离令”，废除宫廷佛教仪式，各地寺庙佛像被严重毁坏，且新政府乙太政官布告，僧人可沿用俗家姓氏，可蓄发食肉娶妻。因此举有悖于禅宗，最终引起了佛教界的反抗，直到明治二十二年(1889年)通过宗教自由法律的颁布，佛教才得以革新换面，蓬勃发展。